一、海洋生物研究所之歷史沿革

民國94年8月30日，國立海洋生物博物館(海生館)與國立東華大學合辦『海洋生物科技研究所』及『海洋生物多樣性及演化研究所』，將研究所設立於屏東縣車城鄉的海生館內，使研究所學生直接受教於海生館的專業師資，並使用海生館的研究設施及儀器，從事具有本土性、獨特性及前瞻性的海洋生命科學研究。

這兩個研究所成立的最大意義在於開創了屬於社會教育的國立社教館所與屬於高等教育範疇的國立大學合作之先河。自開辦以來，在海洋生物博物館既有的研究基礎上，戮力從事於海洋生物方面相關的研究與教育工作，經過數年多來的努力，在研究與教學等專業成果的表現上已初具規模。

由於法規更改合辦研究所專任師資的計算方式，促使兩所於103年8月合併而成『海洋生物研究所』。目前本所的成員及運作是由東華大學提供4位專任教師及1名行政助理，海生館則提供20位合聘教師、3位借調專任教師、各項教學研究設施與貴重儀器資源等，每年至多可招收20位碩士班學生，學生可依其興趣報考就讀『海洋生物多樣性及演化組』或『海洋生物科技組』。本所博士班於106年獲准成立，每年招收1位博士班學生。自111年8月1日起與本校環境學院合併為「環境暨海洋學院」。

二、東華大學發展海洋科技的理想與海生館相契合

    海生館自籌設起，對海洋生物領域研究，除了充滿企圖心與理想性之外，並展現了旺盛的行動力，除了不斷增加的尖端研究儀器設備採購，並與引進年輕而具潛力的高素質研究人力，近年來的努力的結果已漸獲肯定。希望在充分發揮社會教育功能之餘，投入成為學校教育體制的一環，使海生館的設備與人力資源能為國家社會所共用，並發揮最大的作用。

本校在創校之初便以海洋科學學院為規劃目標之一，發展海洋科技是本校校務發展之重要目標。但由於國家近年來財政上的困難，本校自設海洋科學學院的可行性越來越低。這在時空背景上本校與海生館合作成立海洋生物研究所，藉此共同實現在海洋生物研究與教育的理想。

三、配合本校整體學術與研究規劃，發展海洋科學學術領域，提昇東部地區及國家之學術水準

    本校是台灣東部第一所綜合性大學，其設校理念即是以發展具有東部特色的教育與學術領域為重點。創校八年間已針對東部地區豐富的自然資源、人文特色與區域發展成立了管理、理工、人文及社會、原住民民族等四個學院。台灣四面環海，自詡為海洋國家，但國內專門海洋科學研究相關科系，特別是學院層級的，卻比例顯著低落。本校是台灣東部第一所綜合性大學，如能成立海洋相關學院，將有其學術完整與資源互補的雙重效用。

四、台灣地域特性對高經濟效益產業之需求

    台灣地狹人口稠密，宜發展高經濟效益且污染指數較低之產業，發展高科技海洋生物之物種增殖中心，將是台灣在進入WTO後，增加農漁業在市場競爭力的最佳途徑。本所利用海生館現有相關之研究人員培育相關產業之研發人才，並架構台灣成為世界海洋生物特色物種之增殖與供應中心。