展望未來，本所在教學、研究、服務與支持系統上，精進教師專業成長與改善教學技能。研究中長程策略將推動：(1)強化跨領域研究合作；(2)促進研發團隊的成長；(3)落實東台灣與南台灣研究力的整合；(4)激勵學生研究風氣；(5)健全學術研究倫理典型。服務方面，能朝兩個方向推動：一、對於本所學生的生活關懷；二、強化與東部的連結。落實在地社會參與、東部海洋教育推廣、培育東部海洋產業人才。最後，在自我分析、改善與發展上，本所配合學務處建立蒐集內外部利害關係人意見及教學卓越中心的學習成效評量機制，前次評鑑意見等，再經由本所的課程委員會通過本所學生學習成效總結性評量辦法，並制訂出本所核心專業能力評量標準，來建構出各學制之核心專業能力、學習成效指標與評量方式。另外，透過所務會議及課程委員會規劃未來的發展方向，以做為品質改善的參考依循，藉此落實回饋本所擬定評估學生學習成效之相關機制。

一、近程發展方向與重點 (更新中)

1.

2.

3. 培育海洋生物研究及相關產業研發之人才。 

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5.

二、中長程發展方向與重點 (更新中)

1. 台灣產物種之基礎研究及人才培育中心。

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