本所發展首要目標是將地域特性與高科技結合，以利研究與產業之提升。利用新的科技，如分子生物技術，針對台灣產海洋生物進行基礎研究，並進一步發展相關之生物科技產品，培育海洋領域之科技人才。此外，海洋生物醫學與增殖技術也將是重點發展領域，期望藉此能提升台灣在相關產業之競爭力。

一、近程發展方向與重點

1. 台灣產特殊物種之生理、生化等基礎研究。如珊瑚是台灣海域的特色，著力於珊瑚相關之研究，使台灣成為全世界研究珊瑚的學術重鎮。

2. 利用生物科技方法，研發具產業價值之產品。如針對台灣特殊物種，利用生物科技方法尋找物種之基因密碼，以研發有用之新穎蛋白質。

3. 培育海洋生物研究及相關產業研發之人才。 

4. 具經濟效益之海洋生物物種增殖。

5. 利用新的科技，研發台灣海洋生物之保育與增殖技術。

二、中長程發展方向與重點

1. 台灣產物種之基礎研究及人才培育中心。

2. 台灣海洋生物資源之研發中心。

3. 推動國內海洋生技產業上、中、下游之結合。

4. 成為國際級的海洋生物研究單位。

5. 促進台灣成為世界之海洋生物種苗(特定物種)之增殖、繁殖、研發中心。

6. 海洋生物科學在臨床醫學領域的應用。